CustomToolbar
Wenn man eine eigene Toolbar-Definition nutzen möchte, welche mehr Befehle anzeigt und diese auch anders anordnet, dann geht das über einen selbstgestalteten Eintrag in der gsconfig.php-Datei anstelle der Schlüsselworte basic oder advanced.
Trüge ich die Befehle in der config.js im CKEditor-Verzeichnis ein, würde dies bei jedem Update überschrieben. Steht es in der Config-Datei, dann geschieht dies (hoffentlich) nicht.
Also versuche ich es mal. Bisher nutzte ich die "advanced"-Standard-Toolbar.

Nun möchte ich viel mehr Möglichkeiten nutzen und kopiere mir aus einer anderen CKEditor-Konfiguration, die ich mal gemacht habe, den Code heraus.
define('GSEDITORTOOL',"['Source','-','Cut','Copy','Paste',
'PasteText','PasteFromWord','-','Undo','Redo','Find','Replace',
'-','SelectAll','RemoveFormat'], '/', ['Bold','Italic','Underline',
'Strike','-','Subscript','Superscript','-','JustifyLeft',
'JustifyCenter','JustifyRight','JustifyFull'],
['TextColor','BGColor','-','Rule','PageBreak'],['NumberedList',
'BulletedList','-','Outdent','Indent'], '/', ['Blockquote','-','Smiley',
'SpecialChar'],['link','unlink','anchor'],['Image','Flash',
'Table','HorizontalRule','SpecialChar'],['Format','Font'
,'FontSize','Style']");
das kopier ich mir um und stelle es als Zeile in die gsconfig.php, ich nenne meine Toolbar "webdeern".
Jetzt sieht nach dem Neustart die Toolbar schon ganz anders aus. Muß aber noch aufgeräumt werden. Und die Lücken stehen wohl für Plugins, die nicht mehr unterstützt werden oder nicht im Plugin-Verzeichnis dabei sind. Also aufräumen.

Ach ja, dass die Toolbar nun noch anders aussieht, liegt an der SKIN-Definition.